وتتمثل أهداف الأكاديمية في :-
1) ربط البحث العلمي بالاحتياجات الفعلية للتنمية.
2) الإسهام في رسم السياسات العلمية والتكنولوجية والاقتصادية للدولة.
3) الإسهام في رفع الكفاءة البحثية والتعليمية والإدارية والإنتاجية، وتوفير سبل البحث العلمي المادية والمعنوية واللوجستية أمام الأطر العلمية الرائدة.
4) صقل إمكانيات أعضاء الهيئة التدريبية والبحثية والتدريسية، والتدريب الحقلي الفعلي للباحثين داخل المراكز البحثية.
5) الإسهام في تطوير الدراسات العليا وإعداد الأطر المؤهلة، وتوظيف الإقبال المتزايد للدراسات العليا للإسهام في حل المشاكل والقضايا الوطنية والاستفادة من الكفاءة الذهنية وعقول الشباب أثناء أداء الدراسات العليا وتجويد البحث العلمي التطبيقي، وتشجيع التكاتف والتعاون والتنسيق حول البحوث العلمية التطبيقية.
6) الإسهام في تقديم الاستشارات الفنية والمهنية المتخصصة ووضع الحلول العلمية للنهوض بالقطاعين العام والخاص.
7) تشجيع الابتكارات والاختراعات والبراءآت من قبل الطلاب والباحثين لإنتاج التقانات الحديثة وتطويرها وتوطينها.
8) توفير فرص التأهيل العالي لطلاب الأكاديمية في التقانات المتقدمة بالغة الدقة والضرورية لمشروعات التنمية التي تتوفر مواردها البشرية والمعملية مثل تقانات: الطاقة الذرية، والمنتجات البيولوجية، والطاقة الشمسية، وإنتاج الأمصال الدوائية، ومكافحة الحشرات الضارة ونواقل الأمراض، والتقانات الصناعية المتعددة،...الخ.
9) القيام بدور وطني ريادي للتفاعل مع المجتمع وترقية الحس الوطني والوعي القومي لأهمية العلوم والتكنولوجيا.
10) إعداد جيل من الباحثين والأساتذة المقتدرين والأطر التقنية للعمل في المشاريع البحثية المجازة وزيادة الإنتاجية لإنتاج التقانات وتطويرها ونقل الملائم منها وتلبية احتياجات سوق العمل من التعليم الفني والتقني وترقية الأداء.
11) العمل على تطوير أواصر العلاقات العلمية مع المؤسسات الشبيهة على المستويين المحلي والعالمي.
12) إيجاد مستودع لتجميع المعلومات والبيانات البحثية والمعلوماتية.
13) المساهمة في توفير التمويل اللازم والمستدام لأغراض البحث العلمي.
14) زيادة أعداد الباحثين بالقطر لتتواكب والمعايير العالمية.
15) الاستفادة من الكفاءات السودانية المهاجرة في مجالات البحث العلمي والتدريب.
16) زيادة النشر العلمي للبحوث التطبيقية في الإطار المحلي والإقليمي والعالمي.
17) توفير الموارد لتطوير البني التحتية ودعم ميزانية البحث العلمي.
18) تكامل البحوث المتفردة والمتميزة لتحقيق مقاصد السياسات التنموية.